Sobre la Fundación Española de Chota existen diversas tesis planteadas por historiadores y tratadistas de diferentes épocas, a saber:

1. FRANCISCO CADENILLAS GÁLVEZ, sostuvo en 1937, en su tesis para optar el Título de Bachiller en la UNM de San Marcos, que Chota fue fundada como ciudad el 1 de noviembre de 1552, con el nombre de "Todos los Santos de Chota", sobre la meseta de Acunta. El fundador habría sido el Padre Juan Ramírez de la orden de los Agustinos y los naturales que la habitaron serían los ayllus de los Acunta, Julón, Consanchillón y Tantallatas. El autor decía poseer el Acta original de la Fundación, pero nunca la exhibió. 

Es proverbial el heroísmo de la gente chotana. A través de su vida y de sus hijos el pueblo de Chota nunca ha sido sojuzgado. No existen evidencias que demuestren fehacientemente que en la época incaica, el imperio Tahuantinsuyano haya sentado sus bases en la tierra de los Huambos; la Cultura Caxamarca, anteriormente no pisó sus lares y el proceso de poblamiento por parte de los españoles tardó un buen número de años.

En la historia pre incaica de Chota se nota con bastante precisión influencia Chavín primero y Mochica después, Cabello de Balboa en su "Miscelánea Austral" cita a Naylamp, calificado como "Hombre de gran talento y gran valor", y a su dios Chota, con expresa mención de la meseta Acunta y a uno de sus descendientes que llevó también este nombre. En esas condiciones de pueblo rebelde y desordenado lo encuentra la conquista española.

El porvenir de Chile empobrecido y en angustiosa crisis fiscal era obscuro y decidamente apremiante; su camino no podía ser otro, que el de arrebatar a sus vecinos las riquezas que han sido la base de su progreso y los elementos de su poder. Chota protestó con el Perú entero de la declaratoria de esta guerra y se preparó a defender la patria ultrajada y escarnecida. Quinientos chotanos a las órdenes de don Noé Tapia y del Coronel don Manuel Becerra, se batieron valerosamente en San Juan y Miraflores, bajo las órdenes del General Miguel Iglesias.

Es tiempo de fiesta y alegría, de reencuentro, de reunión, de abrazos, pero también debe ser de Memoria, porque la Memoria es la razón y la raíz de la conciencia.
Estamos celebrando el "Día de la Identidad Chotana" con bellas y pintorescas actividades cargadas de evocaciones de un hermoso

Al llegar al Perú los españoles, como una forma de consolidar la conquista del territorio, fue la fundación de ciudades. La fundación de algunas ciudades tuvieron la formalidad, se buscó un lugar apropiado, se hizo la repartición de solares y luego se construyó un templo. En la plaza de armas se colocó una picota como símbolo y señal de justicia y de dominio real. Así nacieron San Miguel de Piura, Jauja, Lima, Arequipa, Trujillo, etc. También se fundaron ciudades de menor jerarquía en donde no se cumplieron todas las formalidades, pero allí nació una ciudad, fruto ya de la nueva cultura. No cabe duda que Chota como ciudad tuvo origen española, para explicación de este acontecimiento existen tres tesis:
 
1.   PRIMERA TESIS.
El Dr. José Varallanos, huanuqueño, profesor universitario, historiador, niega que Chota haya sido fundada como ciudad y dice que posiblemente nació como pueblo como consecuencia de la ordenanza de reducciones o pueblos para indígenas.
 
Efectivamente las reducciones fueron fruto del sojuzgamiento, para lo cual a los naturales se les obliga a abandonar sus aldeas primitivas para residir en las nuevamente planificadas para ellos.
Según el historiador Valdemar Espinoza Soriano este programa comenzó en Perú en  1558 pero fue en 1565 y 1572 cuando acabó de plasmarse y transcribe el dato de  Mendiburo según el cual en la época de Toledo 1572 – 1574 fueron fundadas 614 reducciones.